رغم أن شركة مياه العقبة تدير أعمالها بمنهجية القطاع الخاص إلا أنها تلتزم بتعرفة (المحافظات) الصادرة عن سلطة المياه سواءً كان ذلك في تعرفة المياه أو أجرة الإنتفاع من خدمة الصرف الصحي.

وتقسم تعرفة المياه حسب صفة الإستخدام إلى النوعين التاليين:

تعرفة الاستخدامات غير المنزلية

تحتسب التعرفة وفقاً للمعادلة التالية: (كمية الاستهلاك x دينار/متر مكعب بصرف النظر عن كمية الاستهلاك + أجرة الانتفاع من خدمة الصرف الصحي بواقع نصف دينار/متر مكعب إذا كان العقار موصولاً بشبكة الصرف الصحي). هذا علماً بأن الحد الأدنى لاحتساب استهلاك المياه في الاستخدامات غير المنزلية هو (خمسة أمتار مكعبة).

تعرفة الاستخدامات المنزلية

تخضع الإستعمالات المنزلية لتعرفة تصاعدية بحسب كمية الاستهلاك في الدورة، بحيث يزيد سعر المتر المكعب الواحد كلما زاد الاستهلاك. يأتي احتساب التعرفة وفقاً لهذه الآلية بهدف تحفيز المواطنين على ترشيد استهلاك المياه.
وتحتسب تعرفة المياه وفقاً للمعادلة التالية: (كمية الاستهلاك x سعر المتر المكعب للشريحة الواقع فيها الاستهلاك).
بينما تحتسب أجرة الانتفاع من خدمة الصرف الصحي وفقاً للمعادلة التالية: (أجرة الشريحة الواقع فيها الاستهلاكx كمية المياه المستهلكة).
يضاف لقيمة ثمن المياه مبلغ (300) فلس يمثل أجرة العداد عن تللك الدورة كما ويستوفى مبلغ (2.150) أو (3.650) أو (4.650) دينار تبعاً للشريحة التي وقع فيها استهلاك المتر المكعب الأخير، ويمثل هذا المبلغ الزيادة الإضافية المقرة من سلطة المياه بتاريخ 1/1/2003 وتاريخ 1/1/2006.
إن الحد الأدنى لاحتساب استهلاك المياه في الاستخدامات المنزلية هو (20) متر مكعب.

أمثلة على شرائح الاستهلاك المنزلي بالمتر المكعب، وقيمة الفاتورة بالدينار الأردني، بحسب (تعرفة المحافظات) الصادرة عن سلطة المياه.

 
تعرفة المناطق النائية

 تم اعتماد هذه الفئة لخدمة المناطق الاقل حظاً داخل محافظة العقبة بحيث تم تحديد تعرفة الاستهلاك بقيمة (50) فلس للمتر المكعب  من المياه بصرف النظر عن كمية الاستهلاك.