كما هو الحال في مياه الشرب فإن الشركة تولي موضوع نوعية المياه المستصلحة أهمية قصوى، من خلال برنامج رقابي شامل معد وفقاً لمتطلبات المواصفات القياسية الأردنية الخاصة بالمياه المستصلحة تجري الشركة من خلاله مختلف أنواع الفحوصات المخبرية وبشكل دوري على نوعية المياه العادمة الداخلة إلى محطات التنقية

والمياه المستصلحة التي تنتجها هذه المحطات، لضمان مطابقة المياه المستصلحة للمواصفات الأردنية والحفاظ على البيئة من الآثار السلبية للمياه العادمة.

تجري الشركة هذه الفحوصات في مختبراتها التابعة لمديرية المختبرات والنوعية في محطة التنقية ومختبرها الميداني، بالإضافة إلى مختبرات سلطة المياه وسلطة منطقة العقبة الاقتصادية الخاصة.